COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 32.148499 32.148499 29.976614
2021-01-02 17:00:00 38.852583 30.785350 29.958458
2021-01-01 17:00:00 31.725468 31.725468 29.841925
2020-12-31 17:00:00 30.569807 30.569807 29.489477
2020-12-30 17:00:00 25.415699 25.415699 29.047699
2020-12-29 17:00:00 24.559100 24.559100 28.670620
2020-12-28 17:00:00 28.939828 28.939828 28.325746

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 24.909747 24.909747 29.149593
2021-01-02 17:00:00 24.468085 24.468085 28.876540
2021-01-01 17:00:00 40.877368 40.877368 28.508027
2020-12-31 17:00:00 33.979136 33.979136 27.331641
2020-12-30 17:00:00 22.528363 22.528363 26.814207
2020-12-29 17:00:00 13.782991 13.782991 25.722601
2020-12-28 17:00:00 13.621262 13.621262 24.863046

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 25.471698 25.471698 25.495215
2021-01-02 17:00:00 39.000000 39.000000 25.560373
2021-01-01 17:00:00 31.643002 31.643002 25.076922
2020-12-31 17:00:00 21.940299 21.940299 24.472396
2020-12-30 17:00:00 20.000000 20.000000 23.378433
2020-12-29 17:00:00 26.459144 26.459144 22.076681
2020-12-28 17:00:00 30.909091 30.909091 21.161548

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 10.630758 10.630758 13.920909
2021-01-02 17:00:00 20.348837 20.348837 13.946439
2021-01-01 17:00:00 19.360269 19.360269 13.791185
2020-12-31 17:00:00 13.333333 22.558923 13.678639
2020-12-30 17:00:00 14.573191 7.805907 13.208996
2020-12-29 17:00:00 6.432518 6.432518 13.018265
2020-12-28 17:00:00 14.560440 14.560440 12.953710

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 14.671723 14.671723 16.597204
2021-01-02 17:00:00 19.959267 19.959267 17.007585
2021-01-01 17:00:00 10.591900 18.757539 15.791615
2020-12-31 17:00:00 10.889216 14.813937 14.574579
2020-12-30 17:00:00 12.246510 12.246510 14.639669
2020-12-29 17:00:00 25.901368 25.901368 14.993520
2020-12-28 17:00:00 22.013218 22.013218 14.491885

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 34.921245 34.921245 40.028850
2021-01-02 17:00:00 77.112543 77.112543 39.811999
2021-01-01 17:00:00 58.604547 58.604547 39.654402
2020-12-31 17:00:00 35.091211 35.091211 39.082735
2020-12-30 17:00:00 28.956981 28.956981 37.942009
2020-12-29 17:00:00 23.311604 23.311604 36.950963
2020-12-28 17:00:00 28.376844 28.376844 36.633329

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 30.349014 30.349014 39.972531
2021-01-02 17:00:00 46.262887 46.262887 39.851170
2021-01-01 17:00:00 39.766407 39.766407 39.676209
2020-12-31 17:00:00 39.012456 39.012456 38.870573
2020-12-30 17:00:00 52.142857 52.142857 38.322075
2020-12-29 17:00:00 31.724582 31.724582 37.421078
2020-12-28 17:00:00 32.465278 32.465278 36.747710

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 27.946800 27.946800 26.832512
2021-01-02 17:00:00 31.843157 31.843157 26.692564
2021-01-01 17:00:00 27.340289 27.340289 26.362641
2020-12-31 17:00:00 28.172832 28.172832 26.007434
2020-12-30 17:00:00 25.994540 25.994540 25.317106
2020-12-29 17:00:00 21.580439 21.580439 24.989317
2020-12-28 17:00:00 21.329212 21.329212 24.679238

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 31.936416 31.936416 37.444707
2021-01-02 17:00:00 49.271845 49.271845 34.775501
2021-01-01 17:00:00 41.658241 41.658241 34.203894
2020-12-31 17:00:00 40.067912 40.067912 33.290365
2020-12-30 17:00:00 21.249360 42.067917 32.095240
2020-12-29 17:00:00 30.168150 30.168150 30.513241
2020-12-28 17:00:00 25.859492 25.859492 28.945244

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 32.770853 32.770853 32.092622
2021-01-02 17:00:00 33.524629 33.524629 31.563022
2021-01-01 17:00:00 35.061955 35.061955 30.901036
2020-12-31 17:00:00 37.137908 37.137908 30.004864
2020-12-30 17:00:00 24.635547 24.635547 28.928643
2020-12-29 17:00:00 21.941697 21.941697 27.770313
2020-12-28 17:00:00 26.164384 26.164384 26.132352

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 26.571429 26.571429 20.685612
2021-01-02 17:00:00 20.070423 20.070423 19.466061
2021-01-01 17:00:00 21.868097 21.868097 19.181523
2020-12-31 17:00:00 19.265552 19.265552 18.354250
2020-12-30 17:00:00 17.483562 17.483562 17.572402
2020-12-29 17:00:00 19.148134 19.148134 16.933212
2020-12-28 17:00:00 27.637131 27.637131 16.482743

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 9.326425 9.326425 8.547123
2021-01-02 17:00:00 11.170213 11.170213 8.419292
2021-01-01 17:00:00 11.751663 8.006536 8.761553
2020-12-31 17:00:00 11.488251 11.488251 9.480622
2020-12-30 17:00:00 6.002729 6.002729 9.186491
2020-12-29 17:00:00 2.723735 2.723735 9.176125
2020-12-28 17:00:00 12.500000 12.500000 9.682262

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 51.891892 51.891892 40.823337
2021-01-02 17:00:00 36.595745 36.595745 38.137998
2021-01-01 17:00:00 40.909091 40.909091 37.577340
2020-12-31 17:00:00 45.936396 45.936396 36.112113
2020-12-30 17:00:00 38.938053 38.938053 34.610461
2020-12-29 17:00:00 51.123596 51.123596 33.395252
2020-12-28 17:00:00 29.850746 29.850746 32.423593

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 33.766234 33.766234 46.804912
2021-01-02 17:00:00 93.548387 93.548387 45.932512
2021-01-01 17:00:00 64.333333 64.333333 46.644810
2020-12-31 17:00:00 81.841432 39.386189 47.843291
2020-12-30 17:00:00 38.703340 38.703340 46.524594
2020-12-29 17:00:00 36.764706 36.764706 46.565896
2020-12-28 17:00:00 66.000000 66.000000 45.667567

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 42.078365 42.078365 37.853975
2021-01-02 17:00:00 43.127490 43.127490 37.459712
2021-01-01 17:00:00 38.416848 38.416848 37.271789
2020-12-31 17:00:00 42.440236 42.440236 36.457038
2020-12-30 17:00:00 32.996845 32.996845 35.719870
2020-12-29 17:00:00 38.112523 38.112523 34.504485
2020-12-28 17:00:00 23.911383 23.911383 33.636234

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 38.982355 38.982355 34.094663
2021-01-02 17:00:00 17.400101 17.400101 34.078723
2021-01-01 17:00:00 87.957125 87.957125 34.530555
2020-12-31 17:00:00 39.434948 39.434948 34.398812
2020-12-30 17:00:00 30.548628 30.548628 33.185826
2020-12-29 17:00:00 20.593896 20.593896 32.285738
2020-12-28 17:00:00 21.245059 21.245059 31.856117

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 15.532426 15.532426 11.294034
2021-01-02 17:00:00 15.632754 15.632754 10.972292
2021-01-01 17:00:00 12.731078 12.731078 10.927526
2020-12-31 17:00:00 11.944174 11.944174 10.664603
2020-12-30 17:00:00 8.425379 8.425379 10.281861
2020-12-29 17:00:00 5.248869 5.248869 10.003660
2020-12-28 17:00:00 14.233577 14.233577 9.997734

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 27.567141 27.567141 23.577801
2021-01-02 17:00:00 24.026187 24.026187 23.728440
2021-01-01 17:00:00 24.933333 24.933333 23.215433
2020-12-31 17:00:00 29.623717 29.623717 22.703760
2020-12-30 17:00:00 20.460551 20.460551 22.040050
2020-12-29 17:00:00 19.268009 19.268009 21.477105
2020-12-28 17:00:00 17.506060 17.506060 20.943089

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 13.206845 13.206845 16.216417
2021-01-02 17:00:00 25.369333 25.369333 16.308405
2021-01-01 17:00:00 17.613636 17.613636 16.214881
2020-12-31 17:00:00 17.873303 17.873303 16.095890
2020-12-30 17:00:00 13.747759 13.747759 15.675522
2020-12-29 17:00:00 10.399079 10.399079 15.309193
2020-12-28 17:00:00 13.660377 13.660377 15.308315

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 24.105012 24.105012 20.847046
2021-01-02 17:00:00 51.546392 5.966587 19.804594
2021-01-01 17:00:00 23.408624 23.408624 19.904912
2020-12-31 17:00:00 28.142589 28.142589 19.450122
2020-12-30 17:00:00 33.820663 33.820663 18.990925
2020-12-29 17:00:00 16.479017 16.479017 18.200839
2020-12-28 17:00:00 30.877193 9.549647 17.918349

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 7.592191 29.914530 16.762862
2021-01-02 17:00:00 2.167183 6.422018 17.617376
2021-01-01 17:00:00 12.318841 12.318841 18.017258
2020-12-31 17:00:00 26.605505 26.605505 18.800057
2020-12-30 17:00:00 13.084112 13.084112 18.487189
2020-12-29 17:00:00 0.000000 0.000000 18.840229
2020-12-28 17:00:00 89.705882 30.147059 18.725607

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-03 17:00:00 78.615774 78.615774 89.507774
2021-01-02 17:00:00 82.745098 82.745098 85.644285
2021-01-01 17:00:00 77.738230 116.838906 86.737518
2020-12-31 17:00:00 75.011721 116.250908 84.526646
2020-12-30 17:00:00 72.317752 72.317752 82.534733
2020-12-29 17:00:00 69.868421 69.868421 80.632125
2020-12-28 17:00:00 82.674591 82.674591 79.216179

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 24.909747 24.909747 29.149593
Basilicata 25.471698 25.471698 25.495215
Calabria 10.630758 10.630758 13.920909
Campania 14.671723 14.671723 16.597204
Emilia-Romagna 34.921245 34.921245 40.028850
Friuli Venezia Giulia 30.349014 30.349014 39.972531
Lazio 27.946800 27.946800 26.832512
Liguria 31.936416 31.936416 37.444707
Lombardia 32.770853 32.770853 32.092622
Marche 26.571429 26.571429 20.685612
Molise 9.326425 9.326425 8.547123
P.A. Bolzano 51.891892 51.891892 40.823337
P.A. Trento 33.766234 33.766234 46.804912
Piemonte 42.078365 42.078365 37.853975
Puglia 38.982355 38.982355 34.094663
Sardegna 15.532426 15.532426 11.294034
Sicilia 27.567141 27.567141 23.577801
Toscana 13.206845 13.206845 16.216417
Umbria 24.105012 24.105012 20.847046
Valle d'Aosta 7.592191 29.914530 16.762862
Veneto 78.615774 78.615774 89.507774
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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